برخی عوارض بوتاکس، نسبتا شایع و موضعی هستند؛ مثل افتادگی پلک، کبودی یا خونمردگی، سرخی صورت، حالت تهوع و سردرد که در عرض چند روز تا چند ماه برطرف می شود. برخی عوارض نیز شیوع کمتری دارند؛ مثلاً تزریق بیش از اندازه بوتاکس، انتشار دارو به اطراف و رسیدن به نقاطی که غیر قابل پیشگیری اند، باعث از کار افتادگی یا ضعف عضلات اطراف ناحیه و غیرطبیعی شدن چهره فرد یا از بین رفتن تقارن می شود.
تزریق دوز نامناسب بوتاکس اطراف چشم باعث بیرون زدگی چشم، دوبینی یا ناتوانی در بستن ارادی چشم می شود. قوس غیرطبیعی ابرو و بروز حالت متعجب یا شیطانی یا افسرده در صورت فرد نیز نتیجه تزریق نادرست بوتاکس است. گاهی حتی تزریق بوتاکس مسمومیت زاست و علائم حساسیت بروز می کند که در این شرایط تزریق مجدد بوتاکس توصیه نمی شود. بروز مشکلاتی در بلع یا تغییر صدا نیز از جمله عوارض تزریق بوتاکس به گردن برای رفع چروک های این ناحیه است.
