شبنم قلیخانی دارای مدرک دیپلم در رشته ریاضی و فیزیک است و پس از آن در رشته تئاتر دانشگاه پذیرفته شد و گرایش طراحی صحنه را برای ادامه تحصیل خود انتخاب کرد. او همچنین در مقطع کارشناسی ارشد در رشته کارگردانی تئاتر به تحصیل پرداخته و این دوره را با موفقیت به پایان رسانده است.
خانم شبنم قلیخانی در سال ۱۳۸۶ ازدواج کرده و هم اکنون مادر دختری به نام شانا میباشد. او درباره نحوه آشنایی با همسرش و جزئیات ازدواجشان میگوید: خواهر من و خواهر همسرم رضا، که از ما بزرگتر هستند، با یکدیگر دوست بودند. آنها برنامهریزی کرده بودند که من و رضا از طریقی با هم آشنا شویم.