گلر محبوب سپاهان سال هاست ازدواج کرده و سعی کرده توازن بین فوتبال و خانواده برقرار کند.
دختر سید حسین حسینی، دروازهبان تیم فوتبال سپاهان، «مانلی» نام دارد. او متولد ۳ مرداد ۱۳۹۸ است و در کنار پدرش در بسیاری از رویدادهای عمومی و تمرینات حضور داشته است. حسینی در سال ۱۳۹۶ با خانم پریا رخشنده، مهندس معمار، ازدواج کرد و مانلی نخستین فرزند آنهاست. در سال ۱۴۰۳، این خانواده با تولد فرزند دومشان، «رامان»، تکمیل شد.
حسینی علاقه زیادی به فرزندش دارد و در شبکههای اجتماعی خود تصاویری از لحظات مشترکشان منتشر میکند. او در جشن قهرمانی استقلال در لیگ برتر نیز دخترش را به همراه داشت و در کنار او این موفقیت را جشن گرفت.
در مورد حواشی، یکی از اتفاقات جنجالی در زندگی حرفهای او مربوط به آغوش گرفتن یک هوادار زن پس از بازی با آلومینیوم اراک بود. این اقدام باعث واکنشهای مختلف و جریمه ۳۰۰ میلیون تومانی برای حسینی شد. علاوه بر این، او به مدت کوتاهی از تیم ملی خط خورد، اما در واکنش به این جریمه اعلام کرد که «۳۰۰ میلیون را پرداخت میکنم، فدای سر آن هوادار خانم».

با این حال، حسینی همچنان در قلب هواداران استقلال جایگاه ویژهای دارد و زندگی خانوادگیاش نیز مورد توجه و علاقه بسیاری از طرفداران قرار گرفته است.